与C中的main函数一样，MEX程序中的开始函数为mexFunction.默认变量参数是：
void mexFunction(int nlhs, mxArray *plhs[], int nrhs, const mxArray *prhs[])
其中
nlhs输出参数数目
plhs[]指向输出参数的指针
nrhs输入参数的数目
prhs[]指向输入参数的指针
例如：使用[a,b]=test(c,d,e)
调用mex函数test时，传给test的这三个参数分别是prhs[0]=c ，prhs[1]=d ，prhs[2]=e
prhs[i]和plhs[i]都是指向类型mxArray类型数据的指针。 这个类型是在mex.h中定义的，事实上，在Matlab里大多数数据都是以这种类型存在。当然还有其他的数据类型，可以参考Apiguide.pdf里的介绍。 把hello.c改写一下，使它能根据输入参数的变化给出不同的屏幕输出：
//hello.c 2.0 #include "mex.h" void mexFunction(int nlhs, mxArray *plhs[], int nrhs, const mxArray *prhs[]) {int i; i=mxGetScalar(prhs[0]); if(i==1) mexPrintf("hello,world!\n"); else mexPrintf("大家好！\n"); } //hello.c 2.1 #include "mex.h" void mexFunction(int nlhs, mxArray *plhs[], int nrhs, const mxArray *prhs[]) { int *i; i=mxGetPr(prhs[0]); if(i[0]==1) mexPrintf("hello,world!\n"); else mexPrintf("大家好！\n"); } 这样，就通过mxGetPr函数从指向mxArray类型数据的prhs[0]获得了指向double类型的指针。
但是，还有个问题，如果输入的不是单个的数据，而是向量或矩阵，那该怎么处理呢 ？通过mxGetPr只能得到指向这个矩阵的指针，如果我们不知道这个矩阵的确切大小，就 没法对它进行计算。 为了解决这个问题，Matlab提供了两个函数mxGetM和mxGetN来获得传进来参数的行数 和列数。下面例程的功能很简单，就是获得输入的矩阵，把它在屏幕上显示出来：//show.c 1.0 #include "mex.h" #include "mex.h" void mexFunction(int nlhs, mxArray *plhs[], int nrhs, const mxArray *prhs[]) { double *data; int M,N; int i,j; data=mxGetPr(prhs[0]); //获得指向矩阵的指针 M=mxGetM(prhs[0]); //获得矩阵的行数 N=mxGetN(prhs[0]); //获得矩阵的列数 for(i=0;i 编译完成之后，用下面的命令测试一下：
a=1:10; b=[a;a+1]; show(a) show(b)
需要注意的是，在Matlab里，矩阵第一行是从1开始的，而在C语言中，第一行的序数为0，Matlab里的矩阵元素b(i,j)在传递到C中的一维数组大data后对应于data[j*M+i]。
输入数据是在函数调用之前已经在Matlab里申请了内存的，由于mex函数与Matlab共用同一个地址空间，因而在prhs[]里传递指针就可以达到参数传递的目的。但是输出参数却需要在mex函数内申请到内存空间，才能将指针放在plhs[]中传递出去。由于返回指针类型必须是mxArray，所以Matlab专门提供了一个函数mxCreateDoubleMatrix来实现内存的申请，函数原型如下：
mxArray *mxCreateDoubleMatrix(int m, int n, mxComplexity ComplexFlag)
为矩阵申请内存后，得到的是mxArray类型的指针，就可以放在plhs[]里传递回去了。但是对这个新矩阵的处理，却要在函数内完成，这时就需要用到前面介绍的mxGetPr。使用mxGetPr获得指向这个矩阵中数据区的指针（double类型）后，就可以对这个矩阵进行各种操作和运算了。下面的程序是在上面的show.c的基础上稍作改变得到的，功能是将输入矩阵进行上下翻转
//reverse.c 1.0 #include "mex.h" void mexFunction(int nlhs, mxArray *plhs[], int nrhs, const mxArray *prhs[]) { double *inData; double *outData; int M,N; int i,j; inData=mxGetPr(prhs[0]); M=mxGetM(prhs[0]); N=mxGetN(prhs[0]); plhs[0]=mxCreateDoubleMatrix(M,N,mxREAL); outData=mxGetPr(plhs[0]); for(i=0;i 当然，Matlab里使用到的并不是只有double类型这一种矩阵，还有字符串类型、稀疏矩阵、结构类型矩阵等等，并提供了相应的处理函数。本文用到编制mex程序中最经常遇到的一些函数，其余的详细情况清参考Apiref.pdf。
通过前面两部分的介绍，大家对参数的输入和输出方法应该有了基本的了解。具备了这些知识，就能够满足一般的编程需要了。但这些程序还有些小的缺陷，以前面介绍的re由于前面的例程中没有对输入、输出参数的数目及类型进行检查，导致程序的容错性很差，以下程序则容错性较好
#include "mex.h" void mexFunction(int nlhs, mxArray *plhs[], int nrhs, const mxArray *prhs[]) { double *inData; double *outData; int M,N; //异常处理 //异常处理 if(nrhs!=1) mexErrMsgTxt("USAGE: b=reverse(a)\n"); if(!mxIsDouble(prhs[0])) mexErrMsgTxt("the Input Matrix must be double!\n"); inData=mxGetPr(prhs[0]); M=mxGetM(prhs[0]); N=mxGetN(prhs[0]); plhs[0]=mxCreateDoubleMatrix(M,N,mxREAL); outData=mxGetPr(plhs[0]); for(i=0;i 在上面的异常处理中，使用了两个新的函数：mexErrMsgTxt和mxIsDouble。MexErrMsgTxt在给出出错提示的同时退出当前程序的运行。MxIsDouble则用于判断mxArray中的数据是否double类型。当然Matlab还提供了许多用于判断其他数据类型的函数，这里不加详述。
需要说明的是，Matlab提供的API中，函数前缀有mex-和mx-两种。带mx-前缀的大多是对mxArray数据进行操作的函数，如mxIsDouble,mxCreateDoubleMatrix等等。而带mx前缀的则大多是与Matlab环境进行交互的函数，如mexPrintf，mxErrMsgTxt等等。了解了这一点，对在Apiref.pdf中查找所需的函数很有帮助。至此为止，使用C编写mex函数的基本过程已经介绍完了。 在函数内部调用时，常用函数用法如下：
mxIsNumeric(prhs[0]); // 判断变量是否是数字mxIsDouble(prhs[0]); // 判断变量是否为双精度mxIsEmpty(prhs[0]); // 判断变量是否为空值mxIsComplex(prhs[0]); // 判断变量是否为复数mexPrintf("%d", y); // 命令行中打印数据 x = mxGetN(prhs[0]); // 获取输入参数的行数 y = mxGetM(prhs[1]); // 获取输入参数的列数points = mxGetScalar(prhs[1]); // 将返回变量的实部，为双精度形数据plhs[0]= mxCreateDoubleMatrix(1, 1, mxREAL); // 创建1×1双精度返回变量 x = mxGetData(prhs[0]); // 获取变量的指针，功能相当于mxGetPr()y = mxGetPr(plhs[0]); // 获取变量的指针,数据为实数 对mexFunction的参数是进行指针操作的，不能用单纯的return返回值。MEX程序传送回来的整数数据要变为双精度型数据，才能为其它函数所处理。
注意：mxarray stores data in one dimension , even its a matrix if your c program is preparing a matrix for matlab, it need to be reshaped into one D if your c program is getting data out of matlab, you need to convert yourself to become a meaningful data
matlab的数组在C中都按照一维存储的，但是这并不影响mxGetM,mxGetN,mxGetDimensions得到数据在matlab中的维度，如果matlab中输入的数据是4行5列的数据，mxGetM得到的就是4，mxGetN得到的就是5 但是在运算时必须按照1维的来运算，例如还是假设你输入的是4行5列的矩阵，你这里得到 int mBB = mxGetM(prhs[0]); // 行数mBB为4 int nBB = mxGetN(prhs[0]); // 列数nBB为5 double *bb = mxGetPr(prhs[0]); // 得到矩阵中数据的指针 这个时候如果你想调用原矩阵中3行2列的元素，即matlab中的bb(3,2),也即bb(4*(2-1)+3)也就是bb(7);那么在C中应该对应的是bb[mBB*(2-1)+(3-1)]也就是b[7-1],也就是bb[6]（从这可以看出，是按照列数的）